Nicht alle Virenscanner sind gegen Rootkits gerüstet, sodass der Einsatz eines Spezial-Tools anzuraten ist. Das kostenlose GMER arbeitet primär als Rootkit-Scanner, bringt aber zusätzlich noch ein Intrusion Prevention System (IPS) und eine Firewall mit. Beim Start führt GMER eine Schnellprüfung durch, bei verdächtigen Aktivitäten wird ein Komplett-Scan empfohlen. Der Check umfasst Arbeitsspeicher, Systemdateien sowie Registry und berücksichtigt charakteristische Modifikationen an Systemtabellen, Alternate Data Streams (ADS) sowie versteckte IRP-Calls. Die Prüfergebnisse listet das Tool auf der Registerkarte Rootkit auf. Über das Kontextmenü kann der Anwender dann die betreffende Datei löschen.